Dinas Perhubungan Kota Samarinda keberadaannya berdasarkan Peraturan Daerah Kota Samarinda Nomor 4 Tahun 2016 Tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah, Peraturan Walikota Samarinda Nomor 37 Tahun 2016 Tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Perhubungan Kota Samarinda.

Peraturan Walikota Samarinda Nomor 49 Nomor 2016 Tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Perhubungan Kota Samarinda, dimana Dinas Perhubungan Kota Samarinda merupakan unsur pendukung yang mempunyai tugas pokok mendukung dan membantu kelancaran tugas Walikota melaksanakan urusan pemerintahan konkuren bidang perhubungan yang menjadi kewenangan Pemerintah Daerah dan tugas pembantuan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan. Untuk menyelenggarakan kegiatan penerapan kebijakan, pembinaan, pengawasan, peningkatan, pelaksanaan pelayanan yang searah dengan kebijakan umum daerah dan merujuk kepada kebijakan umum nasional serta kebijakan daerah provinsi.

Untuk penyelenggaraan tugas pokok, Dinas Perhubungan Kota Samarinda pada pasal 3 Peraturan Walikota Samarinda Nomor Nomor 37 Tahun 2016 mempunyai fungsi :

• perumusan kebijakan di bidang lalu lintas angkutan jalan, sungai dan penyeberangan serta rencana pelayanan sistem (jaringan) jalur perkeretaapian dan pengelolaannya, sarana prasarana kepelabuhan, keselamatan, pelayaran sungai dan laut, kebandarudaraan, pengendalian dan operasional transportasi umum baik keluar;
• pelaksanaan kebijakan di bidang lalu lintas angkutan jalan, sungai dan penyeberangan serta rencana pelayanan sistem (jaringan) jalur perkeretaapian dan pengelolaannya, sarana prasarana kepelabuhan, keselamatan, pelayaran sungai dan laut, kebandarudaraan, pengendalian dan operasional transportasi umum baik keluar;
• koordinasi pelaksanaan tugas, pembinaan, dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unsur organisasi di lingkungan Dinas;
• pengelolaan barang milik Daerah yang menjadi tanggung jawab Dinas;
• pengawasan dan pengendalian bidang perhubungan;
• pelaksanaan evaluasi dan pelaporan sesuai dengan lingkup tugasnya;
• pembinaan dan pengendalian unit pelaksana teknis Dinas;
• pelaksanaan tugas lainnya yang diberikan Walikota sesuai dengan fungsi dan tugasnya.